中国農業科学院茶葉研究所などが運営する茶樹のゲノム変異データベースが完成し、その成果が学術誌で発表されたそうです。
超高速シーケンス技術などの発展によって、さまざまな茶樹の品種資源におけるデータは爆発的に増加しています。茶樹品種資源の遺伝子型のデジタル識別と管理を実現するために、中国農業科学院茶葉研究所は麗水市農林科学研究院、韓国国立園芸薬草学研究院、アタチュルク大学などの機関と共同で、茶樹のゲノム変異データベースTeaGVDを開発しました。これに関連した成果は、『TeaGVD: a comprehensive database of genomic variations for uncovering the genetic architecture of metabolic traits in tea plants』というタイトルで、Frontiers in Plant Science誌で発表されました。
このデータベースには7,000万を超えるゲノム変異部位、1,229の茶樹資源の遺伝子型データ、464の代謝物の表現型データと17,974の遺伝子型－表現型関連部位を統合して識別しています。このデータベースは主に茶樹品種資源の遺伝型変異（SNPとInDel）のデジタル管理とビッグデータのオンライン分析に用いられ、ゲノム位置、遺伝子情報、材料比較、遺伝あるいは変異番号などの様々な方法で、ゲノムSNPおよびInDelを検索できます。このプラットフォームを使うことで、茶樹品種資源の代謝表現型検索やGWAS分析を行うこともでき、素早く関連するSNPとInDelサイトをマイニングすることができます。このほか、このプラットフォームはオンラインBlast、配列抽出、プライマー設計、集団遺伝分析などのツールとも統合されています。
茶樹のゲノム変異データベースは茶樹品種資源のイノベーション利用とシェアのために提供されたフレンドリーなプラットフォームで、茶樹の育種のデジタル化、スマート化したデザイン育種の新時代を推進することでしょう。
この研究は国家重点研究開発計画、浙江省自然科学基金、浙江省農業新品種選育重大科学技術専門プロジェクトなどの資金援助のもとで完成しました。茶葉科学研究所の陳亮研究員と姚明哲研究員が共同責任著者であり、陳傑丹副研究院と麗水市農林科学研究院の何衛中研究院が共同筆頭著者です。
バイオの専門用語があり過ぎて、良く分からないのですが、中国の研究機関と韓国、トルコの大学が絡んで、茶樹の遺伝子データベース的なものを作ったようです。
中国側では科学的な研究への投資もバンバン行っているので、上手く日本の研究者の方も入り込んでいけると良いのですが･･･
